München und Minden sind dabei mit knapp 300 Mitarbeitern die beiden größten Standorte. Neben den weiteren Standorten Berlin, Frankfurt und Kirchmöser hat die DB Systemtechnik noch kleinere Standorte in ganz Deutschland.

Während in München, Minden und Kirchmöser neben technischen Laboren und Prüfeinrichtungen auch die Messfahrzeuge und Lokomotiven der DB Systemtechnik angesiedelt sind, sind die Konstruktionsabteilungen betriebsnah in den Werken der Deutschen Bahn untergebracht, so dass die Kundennähe für die tägliche Arbeit genutzt werden kann.